微生物菌群是所有微生物的集合，如自然生活在我们身上和体内的细菌、真菌和病毒。人体内有数以万亿计的微生物，其数量约为人体细胞的10比1。微生物群：来自希腊语 "micro"，意思是小；"biome"，意思是占据空间的群体。一个由极小的生物体组成的群体，它们帮助我们消化食物，产生能量对我们的健康作出重大贡献。它们还可以保护我们免受病原体的侵害，帮助支持我们的免疫系统。

近年来有大量的时间和资金已经投入到了微生物的研究。重点是菌群和人类健康之间的联系。美国国家卫生研究院资助了人类微生物菌群项目，历时10年终于发现人类和微生物组之间的相互作用并与身体健康联系了起来。

菌群测试测试是通过一个小的粪便样本测量你的肠道中微生物的数量和类型，如细菌和病毒。虽然这种测试可以在医生的办公室进行，但现在有许多公司通过家用测试工具提供测试。检验程序很简单：在棉签上采集少量粪便样本放在收集管内在信封内密封然后邮寄分析。通常会提供一份完整的报告以及建议。

营养与肠道菌群之间的关系已经被研究的相对成熟，有数百项研究集中在这一领域的研究。饮食是菌群的燃料来源，也是肠道菌群组成的一个指标。饮食与某些肠道微生物群落的丰度之间有直接关系。在细菌代谢复杂分子的过程中，化学信号被释放出来，最终进入我们的大脑，并能影响行为。一个人的饮食多样性也会影响其肠道的多样性，我们的目标应该是摄入非常多样化的植物性食物。